เดิมสถานที่ตั้งโรงพยาบาลควนเนียงเป็นที่ตั้งแขวงการทาง มีถนนยนตรการ
กำธรเป็นถนนสายหลักในการคมนาคม เมื่อแขวงการทางยุบลงเป็นสถานที่ว่างเปล่ารกร้างมาเป็นเวลาหลายปี ต่อมาสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข สำรวจความต้องการในการจัดตั้งโรงพยาบาลสาขาตามแผนพัฒนาจังหวัดปี 2531 จึงได้รับอนุมัติจัดตั้งเป็นโรงพยาบาลชุมชน ขนาด 10 เตียง โดยเปิดให้บริการตั้งแต่วันที่ 6 พฤษภาคม 2534 ต่อมาเมื่อปีงบประมาณ 2539 ได้รับการก่อสร้าง ปรับปรุงอาคารเป็นโรงพยาบาลขนาด 30 เตียง และได้เปิดให้บริการ ณ อาคารใหม่ เมื่อวันที่ 1 มกราคม 2541 เป็นต้นมา จนถึงปัจจุบัน ซึ่งมีพื้นที่ทั้งหมด 21 ไร่ 2 งาน